Construído no século 18 para receber os negros originários de vários portos africanos, o local funcionou durante muitos anos como depósito de escravos que eram comercializados na capital e em outras cidades do Maranhão. Na década de 1970, o pequeno sobrado foi transformado em museu.

A revitalização do prédio, em estilo colonial, incluiu reparos na parte estrutural da edificação, incluindo a reforma integral do telhado, paredes, implantação de novos sistemas hidráulico e elétrico e nova pintura. O Museu Cafua das Mercês é um prédio tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) e é um dos poucos prédios das Américas onde funcionaram mercados de negros durante o período escravocrata, que permanecem com a estrutura intacta, como explicou a gestora do Museu Histórico e Artístico do Maranhão (MHAM), Amélia Cunha, também responsável pela administração de quatro anexos, entre eles o Museu Cafua.

Na inauguração, o secretário estadual da Igualdade Racial, Gerson Pinheiro, destacou a importância de serem feitas reflexões sobre os caminhos trilhados pela população negra trazida como escrava da África para o Brasil. “Hoje estamos entregando a Pedra da Memória do Terreiro do Egito, entregando títulos de propriedade para o quilombo de Santo Antônio, na cidade de Serrano com o objetivo de valorizar as ações de igualdade racial em todo o estado”, finalizou o secretário.